El origen de la depresión es complejo, ya que en su aparición influyen factores genéticos, biológicos y psicosociales.

Hay evidencias de alteraciones de los neurotransmisores, citoquinas y hormonas que parecen modular o influir de forma importante sobre la aparición y el curso de la enfermedad. La psiconeuroinmunología ha evidenciado trastornos en el eje hipotálamo-hipofisario-adrenal relacionados con los neurotransmisores, así como alteraciones inmunológicas asociadas a citoquinas en el trastorno depresivo mayor (por ejemplo, se reducen el número de transportadores de serotonina en linfocitos de sangre periférica de pacientes deprimidos). Esto parece apuntar a una fuerte relación entre la serotonina y el sistema inmune en esta patología.

Sin embargo, aún no se ha descubierto ninguna alteración biológica estable y común a todas las personas con depresión, es decir, ningún marcador biológico. Por esta razón, estas alteraciones también pueden ser interpretadas como correlatos biológicos (correlación), pero no implica necesariamente una explicación del hipotético síndrome.

Algunos tipos de depresión tienden a afectar a miembros de la misma familia, lo cual sugeriría que se puede heredar una predisposición biológica. En algunas familias la depresión severa se presenta generación tras generación. Sin embargo, la depresión severa también puede afectar a personas que no tienen una historia familiar de depresión.

Las personas con poca autoestima se perciben a sí mismas y perciben al mundo en forma pesimista. Las personas con poca autoestima y que se abruman fácilmente por el estrés están predispuestas a la depresión. No se sabe con certeza si esto representa una predisposición psicológica o una etapa temprana de la enfermedad.

Desde la psicología de conducta, se entendería que la autoestima y la depresión suponen ambas descripciones de aprendizajes adquiridos, siendo la causa de la depresión principalmente social, es decir, aprendida. Por ejemplo, la evitación y el condicionamiento han demostrado tener un papel fundamental en la adquisición y mantenimiento de este problema.

En los últimos años, la investigación científica ha demostrado que algunas enfermedades físicas pueden acarrear problemas mentales. Enfermedades tales como los accidentes cerebro-vasculares, los ataques del corazón, el cáncer, la enfermedad de Parkinson y los trastornos hormonales pueden llevar a una enfermedad depresiva. La persona enferma y deprimida se siente apática y sin deseos de atender sus propias necesidades físicas, lo cual prolonga el periodo de recuperación. La pérdida de un ser querido, los problemas en una o en muchas de sus relaciones interpersonales, los problemas económicos o cualquier situación estresante en la vida (situaciones deseadas o no deseadas) también pueden precipitar un episodio depresivo. Las causas de los trastornos depresivos generalmente incluyen una combinación de factores genéticos, psicológicos y ambientales. Después del episodio inicial, otros episodios depresivos casi siempre son desencadenados por un estrés leve, e incluso pueden ocurrir sin que haya una situación de estrés.

En todo caso, la depresión es descrita desde la medicina con una serie de síntomas. Así, cualquier problema psicológico que cumpla esos criterios pudiera ser diagnosticable como depresión. Ya sea un problema de neurodegeneración, ya sea aprendida, en todos los casos hablaríamos del síndrome. Si bien, el diagnóstico médico debe indicar si es de origen neuroanatómico, hormonal… o psicológico. Debe aclararse a este aspecto que las hipótesis biológicas anteriormente mencionadas se referían al psicológico; muy al párrafo anterior, que se refería a problemas neuroanatómicos o endocrinos mejor conocidos, como por ejemplo los trastornos del tiroides.

Es decir, aún no se ha encontrado ningún marcador biológico de la depresión, de modo que ninguna de las alteraciones biológicas atribuidas a la depresión puede ser usada para el diagnóstico de enfermedad.